了解微生物之间以及微生物与环境之间如何交互，是微生物生态学的重要研究课题。然而，由于传统的基于实验室培养的研究方法存在一定局限性，因此，生物学家对真实环境中微生物群落内部的交互了解甚少。宏基因组测序及人工智能技术的发展使得研究人员可以通过分析微生物基因组序列来了解真实环境中微生物的组成和丰度，并构建关联推断算法分析微生物群落中的复杂交互作用。本书首先对微生物宏基因组测序及其分析流程进行介绍，其次详细介绍了构建关联推断算法需要考虑的问题，最后对基于统计和人工智能的多种微生物关联推断算法进行探讨，并阐述了基于自然语言构建微生物关联知识图谱的新思路。在关联推断算法的介绍过程中，本书以基于肠道菌群疾病的辅助诊断和太湖蓝藻水华问题为例，介绍了相关方法在微生物研究中的应用。
第1章 绪论
1.1 宏基因组学概述
1.1.1 第二代测序技术
1.1.2 鸟枪法宏基因组测序技术
1.1.3 16S rRNA基因宏基因组测序技术
1.1.4 微生物组成与丰度估计
1.1.5 宏基因组学的应用
1.2 微生物关联推断研究意义
1.2.1 海洋微生物关联推断
1.2.2 人类肠道微生物关联推断
1.3 微生物关联推断研究成果
1,3.1 通用关联推断算法
1.3.2 OTU-OTU关联推断算法
1.3.3 EF-OTU关联推断算法
1.3.4 非线性关联推断算法
1.3.5 其他关联推断算法
第2章 宏基因组学分析流程
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