本书主要包括十章。第1章主要介绍了序列组装的意义、难点、步骤和评价，这些涉及序列组装的基础知识，是本书后续内容的基础。第2章介绍了一种基于insert size分布和双端读数的序列组装方法，该方法能够有效的获取更准确的组装结果。第3章介绍了一种内存低耗的序列组装方法，该方法能够在较小的内存空间上完成整个序列组装过程。第4章介绍了一种基于双端读数统计特征的scaffolding方法，该方法和同类方法相比能够取得更好的结果。第5章介绍了一种基于长读数和contig分类的scaffolding方法，该方法利用长读数和contig之间的比对结果，把contig分成两类，然后分别进行处理。第6章介绍了一种gap填充评价方法，该方法提出了专门针对gap填充工具的评价指标。第7章介绍了一种基于读数分割策略的gap填充方法，该方法对每个gap区域，确定两个读数集合，并利用De Bruijn图填充gap区域。第8章介绍了一种基于k-mer分布特征的长读数重叠区检测方法，该方法利用两条长读数之间的共有k-mers，确定其重叠区域。第9章介绍了一种基于Hi-C交互矩阵的contig纠错方法，该方法能够对识别contig中的一些组装错误，并有利用后续的scaffolding。第10章介绍了一种基于Hi-C读数的scaffolding方法，该方法利用Hi-C比对数据。
1 绪论
1.1 序列组装意义
1.2 序列组装难点
1.3 序列组装步骤
1.4 序列组装评价方法
2 基于insert size和读数分布的序列组装方法
2.1 概述
2.2 基于insert size和读数分布的序列组装方法
2.3 实验数据
2.4 打分函数有效性分析
2.5 实验结果
2.6 本章小结
3 内存低耗的序列组装方法
3.1 组装内存效率
3.2 EPGA2方法步骤
3.3 实验结果
3.4 本章小结
4 基于双端读数统计特征的scaffolding方法
4.1 scaffolding难点
4.2 基于双端读数统计特征的seaffolding方法
4.3 实验分析
4.4 本章小结
5 基于长读数和contig分类的seaffolding方法
5.1 引言
5.2 基于长读数和conting分类的scaffolding方法
5.3 实验结果
5.4 本章小结
6 一种gap填充结果评价方法
6.1 概述
6.2 比对信息预处理
6.3 gap填充区域序列抽取
6.4 gap参考序列抽取
6.5 gap参考序列和填充gap区域序列比对
6.6 实验与分析
6.7 本章小结
7 基于读数集合分割策略的gap填充方法
7.1 引言
7.2 基于读数集合分割策略的gap填充方法
7.3 实验及结果
7.4 本章小结
8 基于k-mer特征分布的重叠检测算法
8.1 前言
8.2 k-mer分布特征
8.3 基于k-mer分布特征的长读数重叠区检测方法
8.4 实验及结果
8.5 本章小结
9 基于Hi-C交互矩阵的contig纠错方法
9.1 引言
9.2 纠错方法步骤
9.3 实验与结果
9.4 复杂度分析
9.5 本章小结
10基于Hi-C读数的scaffolding方法
10.1 引言
10.2 基于Hi-C读数的scaffolding方法
10.3 实验与结果
10.4 本章小结
参考文献
