本书围绕大肠埃希氏菌耐药株，介绍了肉品和水产品中大肠埃希氏菌耐药株的分离鉴定方法、生物学特性、耐药质粒基因组的生物信息学分析及其介导细菌耐药的机制，对大肠埃希氏菌耐药株具有生物防治作用的噬菌体的分离、鉴定及生物学特性分析、基因组生物信息学分析及其在防治大肠埃希氏菌耐药株中的应用等。
本书对于从事食品微生物、兽医微生物耐药机制研究和抗微生物药物开发、噬菌体生物防治剂开发的专业技术人员具有一定指导意义，对食品科学与工程、食品质量与安全、动物医学、水产养殖等专业的本科生、研究生的教学、实践等也具有参考价值。

1 绪论
1.1 抗菌药物
1.1.1 抗菌药物的发现史
1.1.2 抗菌药物的类型与作用机制
1.2 细菌耐药性的产生及耐药基因的播散机制
1.2.1 细菌耐药的机制
1.2.2 细菌耐药基因的播散机制
1.3 大肠埃希氏菌简介及其耐药机制
1.3.1 大肠埃希氏菌的形态
1.3.2 大肠埃希氏菌的培养特性
1.3.3 大肠埃希氏菌的生化特性
1.3.4 大肠埃希氏菌的抗原特征
1.3.5 大肠埃希氏菌的耐药机制
1.4 噬菌体及其应用
1.4.1 噬菌体的发现史
1.4.2 噬菌体的形态与分类
1.4.3 噬菌体的基因组学
1.4.4 噬菌体的应用
1.5 基因组测序技术的发展现状及应用
1.5.1 测序技术的发展历程
1.5.2 测序技术的应用
1.6 生物信息学分析
参考文献
2 肉品中的大肠埃希氏菌耐药株的生物学性状分析
2.1 从肉品中分离大肠埃希氏菌耐药株所需材料与仪器
2.1.1 材料
2.1.2 主要仪器
2.2 从肉品中分离大肠埃希氏菌耐药株的方法
2.2.1 耐药菌株的分离与鉴定
2.2.2 纸片扩散法测定药物敏感性
2.2.3 耐药基因筛查
2.2.4 质粒接合转移
2.3 从肉品中分离大肠埃希氏菌耐药株的结果
2.3.1 菌株的鉴定
2.3.2 三个分离株的耐药谱鉴定
2.3.3 三株耐药菌耐药基因筛查
2.3.4 质粒接合转移结果分析
2.4 讨论
参考文献
3 耐药株质粒基因组序列测定及其生物信息学分析
3.1 耐药株质粒基因组序列测定所需材料
3.2 耐药株质粒基因组序列测定及其生物信息学分析的方法
3.2.1 提取高纯度的细菌基因组DNA
3.2.2 大片段文库构建
3.2.3 De Bruijn图的基因拼接
3.3 耐药株质粒基因组序列测定及其生物信息学分析的结果
3.4 讨论
参考文献
4 噬菌体pSPHJ965的生物学特性分析及应用
4.1 噬菌体生物学特性分析及应用所需材料与仪器
4.1.1 材料
4.1.2 主要仪器
4.2 噬菌体生物学特性分析及应用的方法
4.2.1 宿主菌悬液的制备
4.2.2 噬菌体的分离纯化
4.2.3 噬菌体的大量增殖
4.2.4 噬菌体效价的测定
4.2.5 噬菌体热稳定性的测定
4.2.6 噬菌体pH稳定性的测定
4.2.7 噬菌体最佳感染复数的测定
4.2.8 噬菌体一步生长曲线的测定
4.2.9 噬菌体对紫外线和氯仿敏感性的测定
4.2.10 噬菌体体外清除试验
4.2.11 噬菌体处理生活污水中的大肠埃希氏菌
4.3 噬菌体生物学特性分析及应用的结果
4.3.1 噬菌体增殖和效价的测定分析
4.3.2 噬菌体热稳定性的测定分析
4.3.3 噬菌体pH稳定性的测定分析
4.3.4 噬菌体最佳感染复数的测定分析
4.3.5 噬菌体一步生长曲线的测定分析
4.3.6 噬菌体对紫外线和氯仿敏感性的测定分析
4.3.7 噬菌体体外清除试验分析
4.3.8 噬菌体处理生活污水中的大肠埃希氏菌效果
4.4 讨论
参考文献
5 水产品中的大肠埃希氏菌耐药株分离鉴定及耐药性分析
5.1 水产品中大肠埃希氏菌耐药株分析所需材料与仪器设备
5.1.1 菌株来源
5.1.2 试剂与培养基
5.1.3 仪器与设备
5.2 水产品中大肠埃希氏菌耐药株分离鉴定及耐药性分析的方法
5.2.1 耐药菌株的分离
5.2.2 耐药菌株的鉴定
5.2.3 耐药谱筛查
5.2.4 最小抑菌浓度测定
5.2.5 耐药基因筛查
5.2.6 质粒接合转移
5.3 水产品中大肠埃希氏菌耐药株分离鉴定及耐药性分析的结果
5.3.1 耐药菌株分离与鉴定
5.3.2 耐药谱筛查分析
5.3.3 最小抑菌浓度测定分析
5.3.4 耐药基因筛查分析
5.3.5 质粒接合转移结果分析
5.4 讨论
参考文献
6 水产品耐药菌质粒基因组序列测定及其生物信息学分析
6.1 水产品耐药菌质粒基因组序列测定所需的材料
6.2 水产品耐药菌质粒基因组序列测定及其生物信息学分析的方法
6.2.1 提取高纯度的细菌基因组DNA
6.2.2 大片段文库构建
6.2.3 质粒测序、拼接及组装
6.2.4 质粒基因组生物信息学分析
6.3 水产品耐药菌质粒基因组序列测定及其生物信息学分析的结果
6.3.1 测序质粒全序图
6.3.2 与近缘质粒线性对比图
6.3.3 耐药基因座位对比图
6.4 讨论
参考文献
7 水产品源大肠埃希氏菌噬菌体的生物学特性分析
7.1 水产品源大肠埃希氏菌噬菌体的生物学特性分析的材料与仪器
7.1.1 菌株来源
7.1.2 试剂与培养基
7.1.3 仪器与设备
7.2 水产品源大肠埃希氏菌噬菌体的生物学特性分析的方法
7.2.1 噬菌体的分离纯化
7.2.2 噬菌体效价测定
7.2.3 噬菌体常规稀释度的测定
7.2.4 噬菌体最佳感染复数的测定
7.2.5 噬菌体吸附率的测定
7.2.6 噬菌体的一步生长曲线
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