《理解生物信息学》编辑推荐：学习效果：每章开篇都有一个学习效果列表，它总结了该章所涉及的主题，可作为一个反馈清单。
思维导图：每一章都含有一个思维导图，这是《理解生物信息学》一个特别的教学特征，它确保每个学生都能看到并记住一些特定应用中所必需的步骤。偶尔地，思维导图的两个独立方面也可能有着重要的关联。
流程图：每一章的每个小节都有一个流程图以帮助读者记忆该小节所涵盖的主题。作为示例，下面给出了第5章的一个流程图，其中在本节将要解释的概念用深灰色框标注，且相互间用箭头连接起来。例如，两种主要类型的最优联配：局部和全局将在本章的这一节描述。那些已在之前小节描述过的概念用浅灰色框标注，这样我们就很容易了解本节涉及的主题和已介绍过的主题间的联系。例如，构建联配需要为空缺 打分的方法和为替换打分的方法，两者都已经在这一章描述过了。通过这种方式，整章涉及的主要概念以及相互间的关系就能渐渐地被构架出来。
插图：每一章都配有插图。插图的配置是经过充分考虑的，以保证既简单易懂又与《理解生物信息学》其他章
节保持连贯一致。
扩展阅读：在这么一个快速发展的学科中，我们不可能在这本有限的《理解生物信息学》囊括现有的所有知识，更不用说将来的发展了。因此在每章的结尾我们都列了一些研究文献和专业著作的参考文献以帮助读者进一步扩展知识、发展技能。我们根据不同主题收集文章，使得扩展阅读中每节都与这一章相应小节的内容相对应。我们希望这能帮助阅读者以最快的速度找到他们感兴趣的扩展材料。
字符表：生物信息学需要使用很多符号，对还不了解生物信息的人来说，许多符号都是不熟悉的。为了帮助读者了解《理解生物信息学》适用的符号，我们在《理解生物信息学》后面给出了引用的每个符号、它的定义以及它在《理解生物信息学》最常出现的位置的列表。
名词解释：在文中，所有技术术语在第一次出现时都用黑体显示，且在名词解释中列出其相应的解释。此外，每个在名词解释中的术语都会出现在索引中，这样读者就能很快获得详细介绍这一术语的相应页码。《理解生物信息学》设计成可以进行交叉参考，以尽可能帮助读者阅读。
图版：《理解生物信息学》所有的英文原图都可以在GarlandScience网站上下载。插图文件以．zip格式保存，其中每个．zip文件对应一章。每张图都可以从相应的．zip文件中以．jpg的格式解压出来。
更多材料：GarlandScience的网站还包括一些与《理解生物信息学》主题相关的额外的材料。7个部分中任何一部分都对应一个．pdf文件，它通过一系列与这些章节内容相关的有用的网址链接，能链接到一些的有用的数据库、文件格式定义、免费的程序以及允许数据在线分析的服务器上。此外，在阐述分析方法时所用到的数据也会被提供。这就允许读者对同一数据重新进行分析，重现《理解生物信息学》所显示的结果，并尝试其他技术。
译者序
前言
给阅读者的短笺
致谢名单
第1部分 基础知识
第1章 核酸的世界
1.1DNA和 RNA的结构
DNA分子是由4种不同类型的碱基组成的线性多聚体
两条互补 DNA链通过碱基配对形成双螺旋
RNA分子通常为单链结构，但在某些情况下可形成碱基配对结构
1.2 DNARNA和蛋白质：中心法则
DNA是信息载体，而 RNA则是信使
信使RNA根据遗传密码翻译产生蛋白质
翻译过程涉及了含 DNA和 RNA的核糖体的转移
1.3基因结构和基因调控
特定的定位序列能和 RNA聚合酶结合，并识别转录起始点
真核生物中的转录起始信号远比细菌中复杂得多
真核生物 mRNA转录物在翻译前需经历一系列修饰
翻译的调控
1.4生命与进化之树
主要生命形式的基本特征
突变可以改变核苷酸序列
总结
名词解释
扩展阅读
第2章 蛋白质结构
2.1初级结构和二级结构
我们可从多个不同水平考察蛋白质结构
氨基酸是蛋白质的组成单位
侧链决定了氨基酸化学和物理特性的不同
蛋白质链中的氨基酸通过肽键共价连接
蛋白质的二级结构由α螺旋？β链构成
在蛋白质结构中已发现了几种不同类型的β折叠片
螺旋和链通过转角？发夹结构和环连接
2.2对生物信息学的启发
某些氨基酸倾向于形成特定的结构单元
从进化角度帮助序列分析
蛋白质结构的计算和可视化
2.3蛋白质通过折叠形成紧凑的结构
蛋白质的三级结构是通过多肽链的路径来定义的
蛋白质折叠的稳定状态是能量最低的状态
很多蛋白质是由多个亚基组成的
总结
名词解释
扩展阅读
第3章 数据库的处理
3.1数据库的结构
平面文件数据库以文本文件的方式存储数据
关系数据库广泛应用于存储生物信息
XML的灵活性可以确定定制的数据分类
一些用于生物数据的其他数据库结构
数据库可以通过本地访问或通过互联网相互链接
3.2数据库类型
数据库中不仅仅是数据
原始数据和衍生数据
我们如何定义和链接事物的重要性：本体
3.3数据库搜索
序列数据库
芯片数据库
蛋白质相互作用数据库
结构数据库
3.4数据质量
非冗余性对一些应用特别重要
自动化方法可用于检查数据的一致性
初步的分析和注释通常是自动化完成的
为了产生高质量的注释经常需要人为干预
数据库更新和条目注释版本号的重要性
总结
名词解释
扩展阅读
第2部分 序列联配
第4章 产生和分析序列联配
4.1序列联配的原理
联配是在两个或更多序列的相同区域寻找最大相似性的任务
联配可以揭示序列间的同源性
比较蛋白质序列比核酸序列更容易检测同源性
4.2联配分值
一个联配的质量是通过给予一个量化的分值来衡量的
量化两个序列间的相似性的最简单的方法是百分数
基于一致度的点图可以可视化地评价相似性
真正的匹配不必相同
最低一致度比可以被接受为具有显著性
对于打分联配有许多不同的方法
4.3替代矩阵
使用替代矩阵对每个排列后的序列位点分配一个单独的值
PAM 替代矩阵使用密切相关的蛋白质序列集的替代频率
BLOSUM 替代矩阵使用了局部高度保守区域序列的突变数据
替代矩阵的选择取决于要解决的问题
4.4插入空缺
在序列插入空缺以达到和另一条序列的相似度最大，需要罚分制度
动态规划算法
作者：(英国)M.泽瓦勒贝(Zvelebil.M.) (英国)JO.鲍姆 译者：李亦学 郝沛主
