高通量测序已成为生物学研究的重要手段，在生物多样性、物种种质资源开发利用和生物医药领域都发挥了很好重要的作用，因此，如何处理和分析高通量测序数据成为生物学研究的推荐技能之一。本书以高通量测序数据在基因组分析中的运用为例，采用分步讲解的方式，图文并茂地介绍了高通量测序数据的基本格式，利用高通量测序数据开展分析的流程、相关程序，程序执行过程及其分析注意事项。同时，对于数据分析运算中的一些中间结果，作者提供了自己编写的程序，以利于获得最终结果。书中提供了Linux操作系统安装方法，并基于Linux语言命令介绍了高通量测序数据处理过程，其中没有复杂的程序代码，不需要编程语言基础，浅显易懂，具有很强的实践操作性。
本书可供基因组学、生物信息学、遗传学、生态学及相关领域的高校师生和科研人员阅读参考。
第一章 Linux系统安装
第二章 Linux基本命令
第三章 高通量测序数据的常见格式
第四章 基因组组装
第一节 基因组大小估测
第二节 基于PacBio HiFi模式测序数据的基因组组装
第三节 基于PacBio CLR模式测序数据的基因组组装
第四节 基于Nanopore测序数据的基因组组装
第五节 去除基因组中的冗余序列
第六节 Hi-C组装
第五章 重复序列查找
第六章 基因预测
第七章 基因家族扩张和收缩
第八章 物种历史动态
第九章 群体重测序个体的SNP查找
第十章 遗传多样性参数计算
第十一章 受选择作用的SNP位点
第一节 PCAdapt分析
第二节 BayPass分析
第三节 合并PCAdapt和BayPass结果
第十二章 遗传结构分析
第一节 PCA分析
第二节 Admixture分析
