《本草纲目》自1578年成书以来，至清末又历300多年。这300多年中产生的大批药学文献尚无系统整理研究。此外，李时珍未见或近现代浮现的医药古籍甚多，其中也有丰富的药物知识。为进一步提高发扬《本草纲目》所开启的事业，本项目拟将《纲目》所未收（截止到1911年前）的药学资料按《纲目》体例，编成《本草纲目续编》，从而填补《本草纲目》与《中华本草》之间的空缺，进一步弘扬李时珍未竟的事业。
一序例
卷序例一书目
第二卷序例二用药
第三卷序例三药品辨制
第四卷序例四药性理论
二火水土金石部
第五卷火部
第六卷水部（天水类、地水类）
第七卷土部
第八卷金石部（金属类）
第九卷金石部（石类）
三草部
第十卷草部（山草类上）
第十一卷草部（山草类下）
第十二卷草部（芳草类）
第十三卷草部（隰草类上）
第十四卷草部（隰草类中）
第十五卷草部（隰草类下）
第十六卷草部（毒草类）
第十七卷草部（蔓草类上）
第十八卷草部（蔓草类下）
第十九卷草部（水草类）
第二十卷草部（石草类）
第二十一卷草部（苔类）
四谷豆菜果木部
第二十二卷谷豆部（谷类、豆类、造酿类）
第二十三卷菜部（荤辛类）
第二十四卷菜部（柔滑类）
第二十五卷菜部（蓏菜类、芝栭类、水菜类）
第二十六卷果部（五果类）
第二十七卷果部（南果类）
第二十八卷果部（味果类、蓏果类、水果类）
第二十九卷木部（香木类）
第三十卷木部（乔木类）
第三十一卷木部（灌木类）
第三十二卷木部（寓木类、苞木类、杂木类）
五虫鳞介禽兽部
第三十三卷虫部（卵生类）
第三十四卷虫部（化生类、湿生类）
第三十五卷鳞部（龙蛇类）
第三十六卷鳞部（鱼类）
第三十七卷介部（蛤蚌类）
第三十八卷介部（龟鳖类）
第三十九卷禽部
第四十卷兽部（畜类）
第四十一卷兽部（兽类）
第四十二卷兽部（鼠类、寓类）
附录
参考文献
药名索引
