目录
章 绪论（1）
节 新药开发的基本途径和方法（1）
第二节 计算机辅助药物设计的常用研究方法（10）
第三节 计算机辅助药物设计的常用软件（14）
第四节 近年来CADD在药物设计中的应用实例（19）
参考文献（21）
第二章 计算机辅助药物设计的相关基础（23）
节 计算机辅助药物设计的生命科学基础（23）
第二节 计算机辅助药物设计的药学基础（40）
第三节 计算机辅助药物设计的Linux基础（48）
参考文献（62）
第三章 常用数据库和基础软件的使用（64）
节 药物设计常用数据库（64）
第二节 药物和靶点的三维结构显示及绘制软件（79）
第三节 EndNote文献管理（85）
参考文献（91）
第四章 基于配体的药物分子设计（92）
节 定量构效关系（QSAR）（92）
第二节 药效团模型（119）
参考文献（125）
第五章 基于受体的药物分子设计（129）
节 分子对接的原理和分类（129）
第二节 分子对接的搜索算法（130）
第三节 分子对接的打分函数（134）
第四节 分子对接的操作流程（138）
第五节 分子对接实例（144）
第六节 虚拟筛选实例（147）
参考文献（153）
第六章 蛋白质结构预测及全新药物设计（158）
节 同源建模（158）
第二节 同源模建实例（171）
第三节 蛋白质结合位点预测（178）
第四节 全新药物设计方法（182）
参考文献（186）
第七章 分子动力学模拟（190）
节 分子动力学模拟的原理（190）
第二节 恒温恒压分子动力学模拟与溶剂模型（196）
第三节 分子动力学模拟的主要步骤（201）
第四节 分子动力学模拟应用实例（210）
参考文献（231）
第八章 结合自由能的计算（234）
节 生物大分子体系结合自由能研究的背景及意义（234）
第二节 结合自由能计算方法（238）
第三节 基于MM/PBSA自由能算法的操作实例（241）
第四节 自由能计算实例（247）
参考文献（258）
第九章 药物靶点的构象分析（260）
节 药物靶点基础（260）
第二节 粗粒化模型（262）
第三节 自由能曲面（275）
第四节 聚类分析（279）
第五节 自由能曲面和聚类分析实例（282）
第六节 ProDy使用（286）
参考文献（291）
第十章 药物设计常用的数值分析（295）
节 相关和回归分析（295）
第二节 ROC曲线（305）
第三节 基于贝叶斯分类的类药性预测（313）
第四节 Matlab在药物设计中的应用（322）
参考文献（337）
附录 常用Linux计算软件的安装（339）
中英文对照索引（347）
附图（363）
