《兰室秘藏》中涉及临床各科，以内科疾病所占篇幅很大。对饮食劳倦、中满腹胀、心腹痞、胃脘痛、酒客病、消渴、头痛、呕吐、衄血吐血、腰痛、大便结燥、小便淋闭、阴痿阴汗、泻痢、自汗等15种内科疾病，分别各立一门；对于难于归类者，列入杂病门；还有痔漏门、疮疡门、妇人门、小儿门和眼耳鼻门、口齿咽喉门等共22门，是很好实用的一部临床著作。
卷上
饮食劳倦门
饮食所伤论
劳倦所伤论
脾胃虚损论
中满腹胀门
中满腹胀论
诸腹胀大皆属于热论
心腹痞门
胃脘痛门
酒客病论
消渴门
消渴论
眼耳鼻门
诸脉者皆属于目论
内障眼论
卷中
头痛门
头痛论
口齿咽喉门
口齿论
呕吐门
衄血吐血门
腰痛门
妇人门
经闭不行有三论
经漏不止有三论
半产误用寒凉之药论
卷下
大便结燥门
大便结燥论
小便淋闭门
小便淋闭论
痔漏门
庤漏论
阴痿阴汗门
阴痿阴汗及臊臭论
泻痢门
疮疡门
杂病门
自汗门
自汗论
小儿门
治惊论
癍疹论
