周慎斋所著的《医家秘奥》为慎斋学派的传学秘本，由其弟子点校而成。《医家秘奥》全书八卷，要言不繁，字字珠玑，立意深远。很多理论都是作者从临床中得来，对于脉象的缜密分析对后世影响尤其深远。其余对内伤的阐述发挥，对医案的精辟辨治，都颇有独到之处。
脉法解·卷上
脉法解·卷下
慎斋三书·卷之一口授记录
慎斋三书·卷之二内伤杂语
慎斋三书·卷之三医案
风一条
暑三条
痢三条
火症一条
头痛二条
痰二条
心痛一条
嗳气一条
咳逆二条
呕吐七条
身重二条
痿症五条
消症三条
积块二条
虚损十二条
咳嗽七条
吐血五条
肿胀九条
噎膈二条
泄泻四条
自汗三条
喘一条
大小便不通一条
眼痛一条
经水二条
产后三条
附自制丸方
附：查了吾正阳篇选录一卷
附：胡慎柔五书要语一卷（略）
附：《医家秘奥》笔谈摘要一卷
脾肾互补论
辨手少阴论
土多论
经络论
君火以明解
医行难论
脉症不合论
五脏六腑衰旺论
